Carreras de rocas

Mi amigo Luis me ha comentado una curiosa historia que ha leído en el número de noviembre del Nationial Geographic. En un artículo sobre Death Valley (California) se comenta un curioso efecto. Como se ve en la foto, se pueden observar rocas que dejan tras de si rastros en el suelo como si se hubieran movido, aunque nadie las ha visto moverse nunca. Éstos pueden tener una longitud de casi 100m, y hacer giros, curvas, zig zags… y yo que siempre he pensado que la geología era un coñazo…

Parece ser que en efecto se mueven, y es que aunque poco, en el Death Valley de vez en cuando llueve, inundando zonas planas como la palma de la mano y haciendo el suelo arcilloso tremendamente resbaladizo. Si a eso le añadimos vientos de hasta 90 Km/h, ya tenemos la explicación de como echan carreras las rocas, de como hacen eses e incluso de como dan giros de 180º.

Houston, Houston tenemos un problema… ¿dónde está La Meca?

El otro día leía en El Mundo una noticia sobre un astronauta malayo que es uno de los posibles candidatos que van a salir con destino a la ISS desde Baikonur. Cómo sabéis, en este blog sentimos debilidad por las paradojas ciencia/tecnología-religión y es que el pobre hombre tiene un problemón: es musulmán, y subiría precisamente en pleno Ramadán. Como sabéis durante el Ramadán los musulmanes tienen que guardar ayuno desde que sale el sol hasta que se pone, pero claro, la Estación Espacial Internacional orbita a 27.000 Km/h, tarda 90 minutos en dar una vuelta completa a la Tierra, es decir, que un día da 15 vueltas a nuestro planeta. Eso significa que el sol se pone y sale un montón de veces, ¿cómo lo hará nuestro pío astronauta? ¿Se volverá bulímico, ayunará siguiendo el horario malayo, o el de La Meca? lo cual me lleva a otra pregunta ¿hacía donde rezará? porque se supone que tienen que rezar cinco veces al día orientados hacia La Meca, aunque en situaciones especiales creo que sólo tiene que rezar 2 ó 3 veces, pero La Meca está abajo y pasarán por encima de ella cada hora y media. El caso es que el atribulado cosmonauta ha lanzado estas preguntas a un consejo de sabios que ha decido celebra un simposio internacional con el nombre ‘El Islam y la vida en el espacio’ y ya le han dado algunas soluciones, como que posponga el ayuno, realice genuflexiones mentales o que cuando rece, simplemente, lo haga lo mejor que pueda.

Y van dos… El genoma de Venter

Hace poco se hacía público que Craig Venter hacía público su genoma. No es el primer genoma personal hecho público, como ya hablamos aquí, ni será el último.

Las iniciativas pública y privada que anunciaron el primer borrador del genoma humano en el año 2000, lo ensamblaron a partir de varias personas. El trabajo de Celera, usó cinco individuos, de los que Venter era uno de ellos.

Ahora Venter hace público su genoma, y si lo comparamos con el de Watson se pueden sacar algunas cosas interesantes. Al ensamblar los primeros borradores, al estar compuestos por muestras de distintas personas, se tendía a eliminar variaciones individuales, en aras de llegar a una secuencia “de consenso”. Mirando el de Watson y el de Venter se sabe que los humanos no compartimos el 99,9% de nuestro genoma sino el 99% Puede parecer poco pero en realidad es una gran diferencia. Estos datos refuerzan la posición de las empresas de genética personal como 23andMe, cada vez las variaciones individuales de nuestro genoma nos van a decir más de nosotros mismos, y lo que es más importante, se lo van a decir a los médicos: medicina personalizada [clink, clink, signos de dólar aparecen sobre los ojos de las farmacéuticas] Por el contrario, tanta variación nos hace pensar que la secuenciación de un individuo va a resultar más cara de lo previsto. Yo por sin embargo sigo convencido de que el futuro dibujado por Gattaca está cada vez más cerca.

Creando (y patentando) vida sintética

Se acaba de hacer pública una solicitud de patente que ha recogido la oficina americana. El Instituto Venter creado y dirigido por Craig Venter, del que ya hemos hablado en este blog, intenta patentar la creación de vida sintética. Desde el año 2000, la gente de Venter está intentando identificar cual es el genoma mínimo con el cual se puede seguir considerando a un organismo como vivo. Básicamente Venter y su equipo (un par de premios nóbel entre ellos) han cogido una bacteria, Mycoplasma genitalium, que es un parásito que se encuentra en el tracto urinario, y a su escueto genoma han empezado a quitarle genes que “no necesitaba” y le han dejado con lo mínimo, unos 381 genes. Han cogido esos genes y se lo han metido a otra bacteria a la que previamente le han retirado su ADN, a la criaturita la han llamado Mycoplasma laboratorium, Syntia para los orgullosos padres. En la patente intentan registrar este “kit básico de vida” estos 381 genes. No queda muy claro si el grupo de Venter, una vez identificados, ha logrado sintetizar químicamente estos genes, pero la gente cree que tienen la capacidad para hacerlo.

Imaginaos que en unos 10 años, a ese kit básico se le añaden algunos genes extras que permiten a bacterias producir energía a partir del sol, o que produce bioetanol… el laboratorio que pretendiera patentar estos nuevos organismos sintéticos, tendrían que licenciarle el “kit” a Mr. Venter.

Es una pena que mis conocimientos sobre patentes sean mínimos (tirando a inexistentes) pero creía que no se podía patentar, al menos en Europa, nada vivo, entendiendo por vivo que tiene la capacidad autónoma de reproducirse.

Aprovecho para recordar que hace ya bastantes años, un grupo de investigadores españoles ya buscaba ese genoma mínimo cuando intentaron secuenciar la bacteria Buchnera, un endosimbionte, y que no fueron los primeros en secuenciarla por muy poco. Además dos de estos investigadores, son amigos mios

El genoma de Watson

El descubridor de la estructura del ADN James D. Watson (junto con Francis Crick) recibió el otro día un pequeño disco duro, como el que podamos tener cualquiera de nosotros ahora sobre nuestra CPU, con una copia de su genoma secuenciado. Se lo entregaron Richard Gibbs, director del Centro de secuenciación del genoma humano, y Johnattan Rothberg, fundador de la compañia 454 Life Sciencies
La secuenciación les ha llevado 2 meses y ha costado un millón de dólares, para ello han utilizado los sistemas de secuenciación que esta compañía, unidad de negocio de la farma Roche, comercializa, y es una paso más hacia la consecución del premio X prize del que ya os hablamos en este blog.

Watson va a hacer público su genoma para que lo utilicen los investigadores, todo menos la zona de la apolipoproteína E, que se sabe que predispone al Alzheimer y de la que prefiere no saber nada. Craig Venter, cuyo ADN fue el que secuenciaron en Celera, sabe sin embargo, que sí tiene este alelo y ya está tomando estatinas, un fármaco que puede retrasar la aparición del Alzheimer.

Y es que la secuenciación es cada vez más barata, y ya empezamos a oír hablar de la genética personal, incluso existen empresas dedicadas a ello, 23andMe que ha sido noticia recientemente porque Google ha invertido en ella. Creo que por ahora podemos estar tranquilos: no es que Google tenga intereses, digamos… genéticos, sino más bien son intereses conyugales, ya que una de las fundadoras de esta empresa se acaba de convertir en la esposa de Sergei Brin (cofundador de Google)

Una imagen vale más que mil cifras

Recientemente he conocido dos proyectos consistentes en representar información demográfica y económica de formas muy originales. En éste, del proyecto G-Econ, se nos muestra sobre una una representación del mundo en 3D un diagrama de barras con el PIB por regiones.

De Worlmapper, oí hablar en El Mundo, y representan información demográfica cambiando el tamaño o deformando cada región, según la variable que se esté representando. En El Mundo calificaban el método de humanista, pero en mi opinión confunden la técnica de representación con las variables representadas. En este caso son datos demográfico en los que hay apabullantes diferencias, y si no ved los mapas en los que se representa la esperanza de vida o la mortalidad infantil.

Ambas representaciones consiguen ilustrar de una forma clarísima y directa los datos demográficos o económicos que estamos acostubrados a ver en aburridos diagramas de barras o en mapas coloreados, consiguiendo una capacidad de comunicación impresionante.

También he descubierto recientemente un nuevo juguetito de Google, Gapminder, con el que podemos ver no sólo la misma información que en los anteriores, si no que además podemos ver como han ido evolucionando en los últimos 10-20 años.

Todos estos mapas y gráficos, junto con éste que reprenta e interrelaciona orígenes de noticias en el mundo, han desperatado mi curiosidad sobre formas de representar mucha información con muchas variables de forma visual e intuitiva y por ello creo que el próximo libro que me leeré será Information Dashboard design, que tiene una pinta estupenda.

De la inmaculada concepción de los dragones de Komodo

Y yo que creía que las únicas inmaculadas concepciones documentadas eran las de la virgen María y la de la madre de Anakin Skywalker y resulta que hay que añadir la de los dragones de Komodo. Leo en El Mundo de hoy que dos dragonas de Komodo de un zoológico de Inglaterra han tenido crías sin haber conocido macho. Ya se conocían algunas especies de reptiles que podían reproducirse por partenogénesis, pero hasta ahora no se sabía que se diera también en estos enormes lagartos. Parece ser que esta solitaria concepción se produjo porque las hembras estaban apartadas de los machos, y dada que la partenogénesis reduce la diversidad genética, los investigadores van a recomendar que se abandone la práctica de separar a machos y a hembras.

Y yo que no puedo evitar ponerme un poco nervioso al oír noticias que ponen de manifiesto que ellas cada vez nos necesitan menos, aunque por ahora sea en especies mucho menos evolucionadas.

Triste paradoja

El otro día leí en El Mundo la noticia de que el matemático Seymour Papert, profesor del MIT, había sido atropellado por una motocicleta en Hanoi, asistía a un congreso sobre educación y tecnología digital. Lo paradójico es que Papert estaba también trabajando en modelos matemáticos para solucionar los problemas de tráfico en esta ciudad. En este momento está en coma y se cree que ha sufrido daños cerebrales irreparables.

Seymour Papert pasará a la historia como uno de los pioneros de la Inteligencia Artificial, pero también como creador del construccionismo (basado en el constructivismo de Piaget, con el cual trabajó en los años 60) y, tal y como leo hoy en Barrapunto, como el inventor del lenguaje de programación Logo.

El perfil de Jesús

Trabajo en una empresa de bioinformática y desarrollamos apliaciones que analizan automáticamente la literatura ciéntifica publicada en revistas de ciencias de la vida (medicina, biología, farmacia, …) para extraer información de ellas. Un compañero ha analizado los documentos que hablan de Jesús y hemos obtenido la siguiente lista de elementos relacionados más relevantes, creo que hay algunos datos reveladores:

Enfermedades (relevancia)	Síntomas (relevancia)
Disentería (34%)	Alucinaciones (17%)
Psicosis (8%)	Confusión (7%)
Embolia pulmonar (8%)	Lesión (1%)
Cancer (4%)
Términos médicos (relevancia)	Acciones médicas (relevancia)
Gospel (89%)	Congregar (59%)
Mormón (88%)	Amar (59%)
Testamento (84%)	Resurrección (44%)
Bíblico (84%)	Revivir (33%)
Escritura (81%)	Soñar (28%)

Canibalismo intrauterino

El pasado domingo oí por casualidad en el programa Redes de Eduardo Punset un término que no había oído antes y que me dejo alucinado: canibalismo intrauterino. Tras buscar un poquito, encontré que el canibalismo intrauterino o adelfofagia es una peculiaridad de la reproducción de algunos animales ovovivíparos como el tiburón blanco, o ciertos anfibios como las salamandras. Los animales ovovivíparos ponen huevos, pero éstos se desarrollan en el útero materno hasta su eclosión. En algunos casos, los huevos que primero eclosionan dentro del útero y dan lugar a crías más fuertes se comen a sus hermanos eclosionados o por eclosionar, de esta forma, por ejemplo, de los entre diez y catorce huevos que puede albergar en su útero una hembra de tiburón blanco, termina pariendo sólo dos, eso si, se tratará de dos crías fuertes e independientes que se alejarán rápidamente de la madre para que ésta no haga con ellos lo mismo que hicieron con sus hermanos.